Εξαπλώνεται η μετάλλαξη Όμικρον: Τι δείχνει η γονιδιωματική ανάλυση των κρουσμάτων | ΥΓΕΙΑ

To Eθνικό Δίκτυο Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ΕΟΔΥ για τις μεταλλάξεις του Covid-19 ανακοινώνει τη γονιδιωματική ανάλυση σε 1.308 δείγματα.

Η ανάλυση έγινε σε δείγματα που έχουν επιλεγεί τυχαιοποιημένα ή στοχευμένα και αφορούν στην περίοδο 15 Νοεμβρίου 2021 έως 27 Δεκεμβρίου 2021.

Από τον έλεγχο των 1.308 δειγμάτων, αναδείχθηκαν συνολικά 1.255 δείγματα με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος (Variants Of Concern – VOC). Εκ των 1.255 δειγμάτων με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος, τα 976 αφορούν στο στέλεχος Delta, και 279 αφορούν στο Omicron.

Επτά εκ των 976 στελεχών Delta αφορούν στο στέλεχος Α.Υ.4.2, τα οποία εντοπίστηκαν σε επτά εγχώρια κρούσματα στις Περιφερειακές Ενότητες του Βορείου Τομέα Αθηνών (1), του Δυτικού Τομέα Αθηνών (1), του Κεντρικού Τομέα Αθηνών (4) και του Λασιθίου (1).

Από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα έχουν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 42.912 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών 38.569 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων, 3.602 προέρχονται από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων και για 741 δείγματα δεν είναι διαθέσιμος ο τρόπος επιλογής.

Μεταξύ των 38.569 τυχαία επιλεγμένων δειγμάτων στην επικράτεια, τα πέντε πιο συχνά στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση που έχουν απομονωθεί είναι το Delta με ποσοστό 46,48%, ακολουθούμενο από το Alpha με ποσοστό 40,35%, το B.1.1.318 (Variant E484K) με ποσοστό 6,07%, το Βeta με ποσοστό 0,86% και το Omicron με ποσοστό 0,64%.

Από τα 3.602 δείγματα που έχουν ληφθεί ή επιλεγεί στοχευμένα, έχουν βρεθεί 3.439 στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση ή ενδιαφέροντος. Από τα δείγματα που έχουν ληφθεί ή επιλεγεί στοχευμένα, 36,73% αφορούν στο Delta, 36,37% στο B.1.1.318 (Variant E484K), 14,96% στο Alpha, 5,61% στο Beta, 1,42% στο Omicron, 0,11% στο C.36, 0,08% στο Eta, 0,08% στο Gamma, 0,08% στο A.28 και 0,03% στο Mu. Επιπλέον, έχουν απομονωθεί συνολικά 532 στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση ή ενδιαφέροντος από δείγματα εισαγόμενων κρουσμάτων, εκ των οποίων 324 αφορούν στο Delta, 113 στο Alpha, 74 στο Omicron, 7 στο Mu, 6 στο Beta, 4 στο B.1.1.318 (Variant E484K), 1 στο Eta, 1 στο C.36, 1 στο Kappa, και 1 στο B.1.1 (Variant E484K). Όσον αφορά στα στελέχη ενδιαφέροντος που χρήζουν άμεσης λήψης μέτρων ελέγχου επί του παρόντος στη χώρα, η γεωγραφική κατανομή ανά Περιφερειακή Ενότητα παρουσιάζεται στον πίνακα 5.

Ακολουθεί η απόλυτη και σχετική συχνότητα κρουσμάτων με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος/υπό διερεύνηση/υπό παρακολούθηση ή άλλα στελέχη ενδιαφέροντος του ιού SARS CoV-2 από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα.

Το ποσοστό εγχώριων θετικών δειγμάτων για τα στελέχη Alpha, B.1.1.318 (Variant E484K), Delta και Οmicron επί του συνόλου των ελεγχθέντων δειγμάτων από τυχαία δειγματοληψία, ανά Περιφέρεια για το 15νθήμερο από 06/12/2021 έως 19/12/2021 και για το χρονικό διάστημα από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα.

Απόλυτος αριθμός κρουσμάτων (ανεξαρτήτως τρόπου δειγματοληψίας) με στελέχη αυξημένου ενδιαφέροντος που χρήζουν άμεσης λήψης μέτρων ελέγχου, ανά Περιφερειακή Ενότητα, για το χρονικό διάστημα από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα.

Η παραλλαγή Omicron (B.1.1.529/BA.1) χαρακτηρίζεται από την παρουσία μιας διαγραφής νουκλεοτιδίων, της διαγραφής 69-70 (del69-70) στο γονίδιο S (Spike) του ιού. Η διαγραφή αυτή έχει ως αποτέλεσμα την αδυναμία ενίσχυσης ενός εκ των τριών γονιδιακών στόχων, του γονιδίου S, σε συγκεκριμένη εμπορικά διαθέσιμη διαγνωστική δοκιμασία μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που εφαρμόζεται σε ορισμένα εργαστήρια στη χώρα μας και ευρύτερα παγκοσμίως.

Επιπλέον, προκαταρκτικός έλεγχος για πιθανά κρούσματα του στελέχους Όμικρον, πραγματοποιείται και με εναλλακτικά πρωτόκολλα μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που στοχεύουν στην ύπαρξη συγκεκριμένων μεταλλάξεων σε διαφορετικές περιοχές του γονιδίου S, οι οποίες είναι ειδικές για το στέλεχος Όμικρον.

Θετικά δείγματα που έχουν ελεγχθεί με τα συγκεκριμένα πρωτόκολλα μοριακής διάγνωσης και χαρακτηρίζονται από αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S, εγείρουν ισχυρή υποψία ότι πρόκειται για πιθανά κρούσματα του στελέχους Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στην παρούσα φάση της πανδημίας. Η αξιολόγηση του συγκεκριμένου μοριακού ευρήματος κατά τον μοριακό έλεγχο (αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S) επιτρέπει μια προκαταρκτική εκτίμηση σε πραγματικό χρόνο της επίπτωσης της Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων. Η ακριβής εκτίμηση της επίπτωσης της Όμικρον μπορεί να γίνει μόνον με την αλληλούχιση του πλήρους γονιδιώματος του ιού από αντιπροσωπευτικά θετικά δείγματα (γονιδιωματική επιτήρηση).

Ποσοστό θετικών δειγμάτων SARS-CoV-2 με αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S (S-gene-dropout) (σύνολο δειγμάτων=9.449) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων (σύνολο θετικών μοριακών ελέγχων=15.065) από 6 εργαστήρια της χώρας*, 20 Δεκεμβρίου 2021-05 Ιανουαρίου 2022.